Cuando en 1826 aparecieron casos de viruela en el hospital provisional de varones de la ciudad de Mérida, las autoridades pidieron que se apartara a los enfermos infectados y solicitaron a los sacerdotes que abreviarán los entierros para evitar el riesgo de contagio. No obstante, la mortandad causada por esta enfermedad había disminuido desde que, a principios del siglo XIX, el gobierno español instruyó a una expedición marítima para que llevara a todos los dominios de ultramar la vacuna descubierta por el inglés Edward Jenneren 1796 y probada con éxito en la península. La reaparición de la viruela se debía, en gran medida, a que la población se resistía a recibir la vacuna, lo que siguió pasando y dio lugar a que se presentara, aproximadamente, cada 20 años. Por lo demás, la situación se complicaba porque, en ocasiones, los brotes epidémicos iban acompañados de crisis de subsistencia, determinadas por las lluvias, sequías o plagas de langosta y aun por las guerras o las revueltas. Los médicos y el gobierno del estado pugnaron una y otra vez para que la inoculación fuera aceptada. Reiteraban que su aplicación era sencilla. Así, en un oficio dirigido al gobierno en el ano de 1842,el Dr. Manuel Campos, originario de Campeche, describía el procedimiento:
Se usa una lanceta fina y bien afilada, con ésta se hacen dos pequeñas cortadas en cada brazo bien superficiales; las costras se introducen al fluido vacuno con la misma lanceta, cuidando que se sequen bien las cisuras antes de separarse el paciente del practicante. El mejor pus es lo que sacan del grano al tiempo de usarlo, sin embargo el pus conservado en vidrio bien cerrado sirve muy bien humedecido con un poco de agua fresca al tiempo de usarlo. La época más apropiada para sacar el pus del grano es desde el noveno hasta el duodécimo día, teniendo el grano un color de perla.
Por su lado, el gobierno reprendía a los reacios y, al mismo tiempo, les recordaba las ventajas:
Que el líquido se ha perdido en ésta es causa de la poca inoculación, casi nula en el último mes, por el insignificante número de niños que han participado de su beneficio. Esto proviene por desgracia del poco conocimiento que el pueblo tiene de inoculaciones tan benéficas y sabias como las de la vacuna. Ignorante del bien que le puede resultar y de los infinitos males que [ahí] le pueden sobrevenir a él y a sus semejantes. Los gobiernos cuando son paternales como el del Excelentísimo Sr. Gobernador y palpan esos males, procuran ponerles remedio, obligando por la fuerza ya que la persuasión no sirve a aceptar las felicidades.
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